Эндометриоз приводит к нарушению овуляции, но при лечении, как правило, беременность наступает.
При эндометриозе, если женщина планирует забеременеть, не используются мужские гормоны и гормональные средства, прекращающие регулярные менструальные кровотечения.
Используются гормональные средства «мягкого действия», к которым относят циклические противозачаточные средства. Спустя три месяца регулярного приема противозачаточных контрацептивов, после их отмены возникает ребаунд-эффект, который сопровождается выходом яйцеклетки. При необходимости проводится медикаментозная стимуляция овуляции.
Немаловажным является противовоспалительное лечение, так при эндометриозе развивается воспалительная реакция, хоть и без инфекционных агентов.