АКДС защищает только от коклюша, дифтерии и столбняка. Действие Пентаксима распространяется ещё и на полиомиелит и гемофильную инфекцию.
В отличие от АКДС, в составе Пентакима коклюш находится в расщеплённом состоянии, без оболочки, которая часто вызывает осложнения. Однако цельноклеточный коклюшный компонент АКДС дает лучшую защиту от заболевания, поэтому рекомендуют проводить ревакцинацию в 6 лет, если ребенку до этого вводили Пентаксим.